Декан: Зайцев Евгений Николаевич, кандидат технических наук, старший научный сотрудник, академик Международной академии транспорта.

Факультет управления транспортом образован в 1998 году. Повышение эффективности транспортных работ связано в первую очередь с повышением оперативности управления транспортными потоками, организацией взаимодействия различных видов транспорта, прогнозированием конъюнктуры на рынке транспортных услуг, безопасной и эффективной эксплуатацией транспортных средств и с многими другими аспектами.

Факультет ведет подготовку инженеров по организации управления на транспорте и инженеров-математиков по математическому моделированию процессов управления на транспорте.
Факультет объединяет семь кафедр:
- организации и управления в транспортных системах;
- интермодальных перевозок и логистики;
- надежности и безопасности в транспортных системах;
- прикладной математики;
- высшей математики;